忍者龜兄弟自小遠離人類世界，直至結識索女記者愛普，才敢真正接觸人類。在愛普的協助下，他們因維護正義及瓦解神秘犯罪集團而被紐約市民視為英雄。然而，嚴峻挑戰陸續有來，一群變種人的出現，驅使他們繼續為守護紐約而戰。